天启二年二月，朝廷逮捕了王化贞和熊廷弼。但由于以前熊廷弼和东林党的关系匪浅。和当时的东林六君子更是密切，曾经还有传闻，杨涟弹劾阉党的奏疏，就出自熊廷弼之手，所以，又陷入了东林党和阉党的党争之中。四月，刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋等报上判决书，熊廷弼、王化贞被判处死刑。结果临到行刑时，熊廷弼让汪文言用四万两黄金贿赂内廷，请求缓期执行。最后却违背了四万两黄金的承诺，就因为如此，才恼了内相魏忠贤。随后就是魏忠贤的各种落井下石的报复。
终于在天启五年八月的时候，天启下令，要杀熊廷弼。并且要抄家，追脏熊廷弼贪墨的十七万两军费，还有百万两的家产。
小朱慈燃的确是没有想到，天启是在那个时候，要杀熊廷弼。历史上也确实是在相同的那一天，熊廷弼被杀。所以，当小朱慈燃一听到这个消息的时候，当真有些慌张，举足无措。无奈之下，只得去请了刚刚辞官的吏部尚书周嘉谟。吏部尚书周嘉谟，是光宗泰昌帝驾崩时的两位顾命大臣之一。另一位是内阁大学士刘一燝，也遭到阉党的迫害，辞了内阁首辅的职位，现在只是在内阁行走，现在并不能在内阁说得上话，身份很是窘迫。周嘉谟当时更是被逼的辞了官，只是那时还没有启程回老家天门。
当时太子并不能出宫的，所以，一切的事情，都只能让老王安传递消息。好在，老周在听到太子殿下想要营救熊廷弼的想法后，并没有反感，还是一样的恭忠体国。他只说，太子殿下能够体谅臣下疾苦，是天下臣工之福，更是对边将最大的鼓励。说罢，只说到，这些事太子殿下不好出面，毕竟君父之旁，不能他人比齐，这是皇帝的忌讳。所以联系朝臣，共同谏言的事情由他来出面，反正当时自己也只是一个布衣之身，皇上不会真的再为难他的。
所以，小朱慈燃在得到周嘉谟的明确表示之后，明面上，就看不到他的一丝一毫的身影。话说老周身为天官吏部尚书，门生故旧遍布天下，联名题奏的本事当然是有的。三天后，就有十多个四品以上的高官纷纷上书，请求彻查熊廷弼贪墨案。之后的几天，皇帝天启每天都能收到十几二十本为熊廷弼求情的奏折，纷纷说，“熊廷弼在辽东经略任期间，督造军器，修缮城堡，调兵遣将扼守各冲要地点，互为应援，守备大固。他还亲巡沈阳、抚顺，相度形势，召置流移，安定民心。熊廷弼的策略是以守为主，反对浪战，并联合朝鲜牵制后金，卓有成效，使后金军一年多内不敢轻进。”
这无疑是在打天启的脸啊。皇帝刚刚下令要处死熊廷弼，结果就有那么多的人要为他求情，说他是被冤枉的。天启很愤怒，结果很严重。地方官暂时够不着，所以，上书求情的京官的危险来了。兵科给事中左光斗被廷杖，御史杨涟被下入天牢……结果，反而很出乎天启的预料。挨了打，应该老实了啊，可事实非但如此，上书的事情还更加严重了，一本本奏折就像雪花一样往天启的御案上纷至沓来。佥都御史严佩韦也上书，请求重审熊廷弼案，他说：“熊廷弼功在存辽，罪在负君，但罪不至死。当感念存辽微功，抚慰边将，不可轻易论罪……”
无奈，迫于群臣的压力，天启不得不解回熊廷弼，重审其失辽和贪墨之案。这下，连魏忠贤也不敢吱声了。
结果就是派遣一个钦差大臣去山海关查访。
朱童蒙作为钦差大臣，去了山海关，还冒着危险，乔妆出关，查访辽东百姓。回来时，就上了一道折子，“臣入辽时，士民垂泣而道，谓数十万生灵皆廷弼一人所留，其罪何可轻议？独是廷弼受知最深，蒲河之役，敌攻沈阳，策马趋救，何其壮也？及见官兵驽弱，遽尔乞骸以归，将置君恩何地？廷弼功在存辽，微劳虽有可纪；罪在负君，大义实无所逃。此则罪浮于功者矣。”
朝臣们听到这般说，也终于是确定了，熊廷弼案确实有疏漏的地方。然后，个个都不敢再说熊廷弼该杀了。阉党也不得不停下了自己的脚步，毕竟群臣都已经认为熊廷弼不该杀了，若是硬要为之，就过犹不及了，那自己以后在说话的分量也会有水分的。
天启感觉自己的面子似乎有点要不回来了。无奈，自己本来也是一片为江山为社稷的心思，奈何熊廷弼在失辽一事上确实没有致死的过错，只得又将希望寄托在，熊廷弼贪墨军饷的事儿上。因为，御史梁梦环说，廷弼侵盗军费十七万两。御史刘徽也说，熊廷弼家产值百万两银子，应该没收了充作军费。所以，被魏忠贤将起了杀心的皇帝，又派锦衣卫严加追脏。
结果，熊廷弼家全部资财都不够，连亲戚、本家都被查抄。东夏知县王尔玉，向熊廷弼的儿子勒索貂裘，珍玩。到处找寻得不到，就要打人。熊廷弼的长子熊兆珪自杀身亡。熊兆珪的母亲喊冤，王尔玉就命人扒掉她的两